После перехода на pkgng через некоторое время вылезла ошибка:

Stale dependency: aaaaa --> bbbbb — manually run 'pkgdb -F' to fix or specify -O to force.

Но эта опция уже не поддерживается.:
pkgdb -F not supported with PKGNG yet. Use 'pkg check' directly.

После определённых попыток получилось починить:

pkgdb -fu
pkg2ng
portupgrade -vr aaaaa